生物信息学计算平台

仪器介绍：详情请点击：http://itm.zju.edu.cn/redir.php?catalog_id=4240&object_id=12505 该平台高性能计算环境采用集群结构，拥有33个计算节点：其中节点1~32为普通节点，节点号node1~node32，每个节点含2颗Intel Xeon E5-2690v2（3.0GHz，10核）；节点33为SMP（对称多处理器）胖节点，节点号node33，含有8颗Intel Xeon E7-8850 v2（2.5GHz，12核），共96核；每个节点配置2个千兆网卡端口，另外配置1块56Gb/s FDR InfiniBand网卡用于计算及存储网络。

应用领域：该平台可应用于高通量序列数据的分析、管理和储存。例如，与转化医学密切相关的包括基于基因组序列分析的癌症病人个性化治疗、复杂疾病风险预测、寻找药物靶子、新生儿基因诊断等。其次，该平台可应用于药物研发、全基因组SNP分析、复杂疾病关联分析、基因互作检测、基因表达分析、蛋白质结构预测、蛋白质表达分析、调控分析、计算进化生物学、生物多样性的度量和生物系统模拟等研究。 本平台可实现共享的学科包括医学、生命、农业科学等需要分析高通量序列数据和生物计算的相关科学。

使用指南：高性能计算环境采用集群结构，拥有33个计算节点：其中节点1~32为普通节点，节点号node1~node32，每个节点含2颗Intel Xeon E5-2690v2（3.0GHz，10核）；节点33为SMP（对称多处理器）胖节点，节点号node33，含有8颗Intel Xeon E7-8850 v2（2.5GHz，12核），共96核；每个节点配置2个千兆网卡端口,用于集群监控与管理，另外配置1块56Gb/s FDR InfiniBand网卡用于计算及存储网络。以上节点共计736个计算核心，系统Linpack计算性能总峰值达到每秒17万亿次（Tflops）的浮点运算。 系统配置1套集群共享并行文件系统，并行文件系统节点和线缆全冗余，可用容量为255TB。存储系统I/O节点8个，配置独立八通道SAS Raid卡, 1块双端口光纤HBA卡，速率≥8Gb/s，1块FDR InfiniBand网卡，速率≥56Gb/s。存储系统磁盘阵列支持SSD 、SAS和SATA三种磁盘规格。含有8GB高速缓存，提供8个光纤端口，支持6Gb SAS、千兆主机接口。支持数据复制、数据镜像、数据快照功能,支持动态磁盘资源池DDP，支持存储虚拟化。满配热插拔电源和热插拔冗余风扇，支持外接UPS，支持定制研发实现数据保护，单一节点失效不影响系统的正常使用。 平台采用Redhat Enterprise Linux 6.4 X64位操作系统，配置必要的C与fortran编译器、MPI并行环境、Python、java、数学库、Gridview集群管理系统及Torque PBS作业调度系统。平台配置2台双路机架管理登录节点,管理节点同时承担集群登录、程序编译、作业提交等功能，管理节点硬件配置为2颗Intel Xeon E5-2650 V2 8核2.6Ghz处理器，128GB DDR3 1333内存和6块600GB 2.5英寸 15000转热插拔SAS硬盘。每个节点配置2个千兆网卡端口,用于集群监控与管理，另外配置1块56Gb/s FDR InfiniBand网卡用于计算及存储网络。

管理规则：新用户请按照网站门户首页-常见问题-新手指南，进行账户注册，账户注册完成才可进行预约。 请用户先在网上完成预约后，再使用仪器。

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最小可预约时间段： 30 分钟

最大可预约时间段： 240 分钟

最近提前预约时间： 分钟

最远提前预约时间： 分钟

最大有效预约次数： 3 次 / 月

预约保护时间： 15 分钟

预约失约时间： 15 分钟

无代价提前撤销预约时间： 1440 分钟

提前撤销预约扣除信用分： -2 分

预约失约扣除信用分： -4 分

仪器使用超时保护时间： 3 分钟

普通超时扣除信用分： -2 分

挤占他们预约扣除信用分： -4 分

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